ตราวัดบุปผาราม ประกอบด้วยพระมหาพิชัยมงกุฏและตรามหาสุริยมณฑล ตรามหาพิชัยมงกุฏนั้นเพื่อเฉลิมพระเกียรติพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ร.4 ตรามหาสุริยมณฑลนั้นเพื่อเทิดเกียรติคุณของสมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์ (ช่วง บุนนาค) ทั้งนี้เนื่องจากท่านทั้งสองได้เป็นผู้บูรณะปฏิสังขรณ์วัดนี้ ซึ่งเป็นวัดร้างในปลายรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว ร.3 ให้กลับเป็นวัดสมบูรณ์ขึ้นเหมือนการสร้างวัดขึ้นใหม่

         ปรากฏในทำเนียบพระอารามหลวงว่า “วัดบุปผาราม พระอารามหลวงชั้นตรี ชนิดวรวิหาร อยู่ริมคลองวัดบุปผาราม กิ่งอำเภอบุปผาราม จังหวัดธนบุรี เดิมชื่อว่าวัดดอกไม้ เป็นวัดโบราณ พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ร.4 สมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์ และเจ้าพระยาทิพากรวงศ์ช่วยกันสร้างเป็นสามส่วน พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว พระราชทานนามใหม่ว่าวัดบุปผาราม ต่อมาเจ้าพระยาภานุวงศ์ได้ปฏิสังขรณ์”

         ด้วยเหตุนี้ จึงได้อัญเชิญสัญลักษณ์ของพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว คือพระมหาพิชัยมงกุฏ และสัญลักษณ์ของสมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์ คือดวงตรามหาสุริยมณฑล มาเป็รตราของวัดบุปผาราม เพื่อเป็นสิริสวัสดิ์พัฒนมงคลของวัดสืบไปตลอดกาลนานแสนนาน.