วัดบุปผาราม มีพระเจดีย์รวม ๔ องค์ เป็นพระเจดีย์ขนานกลาง และเล็ก สร้างเพื่อประดิษฐานพระสารีริกธาตุ และบรรจุพระพุทธรูป การสร้างพระเจดีย์เพื่อการบรรจุพระพุทธรูปนั้นถือกันว่าเป็นการสืบทอดพระพุทธศาสนาไปสู่คนรุ่นหลัง ๆ จึงเป็นที่นิยมกันมากในสมัยโบราณ ตั้งแต่สมัยสุโขทัย อยุธยา และกรุงรัตนโกสินทร์ตอนต้น

          พระเจดีย์ทั้ง ๔ องค์นั้น ๓ องค์ประดิษฐานอยู่ภายในเขตพุทธาวาส อีก ๑ องค์ ประดิษฐานอยู่ในเขตสังฆาวาส  รูปลักษณะของพระเจดีย์นั้น เป็นลักษณะพระเจดีย์ทรงลังกา คือเป็นรูประฆังคว่ำ ๒ องค์ และอีกลักษณะหนึ่งเป็นเจดีย์ทรงสี่เหลี่ยมย่อมุม ๒ องค์ ทั้งสองลักษณะนี้เป็นพระเจดีย์ที่นิยมสร้างกันมากในประเทศไทย